Alfántega fue un importante núcleo de negocios en la Edad Media ya que, durante muchos años sirvió como aduana entre los reinos cristianos y musulmanes que ocupaban la zona.
El emplazamiento actual de la localidad de Alfántega debe remontarse a época templaria, ya que este núcleo aparece como uno de los integrantes de la Encomienda de Monzón hasta el año 1391, momento en que la propiedad de la tierra pasa a manos de la Orden del Hospital.